加重的痛经，可以在经前、经期、或经后出现，月经紊乱，由于巧克力囊肿对于卵巢有破坏作用，造成卵巢不排卵，分泌雌激素的水平也下降，从而导致月经紊乱，不孕不育，四是腹痛，主要与囊肿破裂后出现，巧克力囊肿还有可能发生恶变，巧克力囊肿大小不同，恶变率就不同。