弊端主要是母体是否安全，促排卵药物对母亲是否有不良影响，对卵巢功能是否有影响。现有的研究发现，试管婴儿促排卵药物对于卵巢功能正常的女性，不会引起卵巢功能衰竭，但是对于卵巢功能不好的，促排卵治疗如果做很多次，可能会出现绝经时间提前。试管婴儿技术出生的儿童跟自然妊娠出生的儿童，不管在畸形率方面、智力方面，还是在生长发育方面，都没有明显的差别。