输卵管囊肿手术可以通过腹腔镜或者开腹来完成，随着腔镜技术的普及，随着腔镜技术的提高，大部分手术可以通过腹腔镜这种微创的方式来完成。手术过程当中将囊肿完整剥除，注意尽量保护正常的输卵管系膜，尽量保证不影响输卵管的走行，从而有利于患者以后的受孕。