藿香正气水是不能够治疗灰指甲的。这种药物的主要成分是藿香、陈皮、大腹皮，以及其他的中药，另外含有一定的酒精，所以这种药物即使用于皮肤病，也主要是适用于湿疹，由于湿热等因素形成的皮肤疾病，而且只是暂时缓解症状。但是用于灰指甲，一般就没有明显效果，因为这些成分根本就没有抗真菌的作用，最多也起到局部的消毒作用。