阴茎的皮肤上长小水泡可能是生殖器疱疹，是由单纯疱疹二型病毒感染引起的性传播疾病，主要发生于会阴的部位，男性容易发生的阴茎龟头的部位，阴茎皮肤表面出现一簇米粒大小的水疱，有时可以出现破溃或结痂，有瘙痒或灼痛的感觉，容易反复发作。