扁平疣是由人类乳头瘤病毒(HPV)感染引起，多是由HPV-3型所致。外伤或者皮肤破损是发生人乳头瘤病毒感染的重要因素。人乳头瘤状病毒有嗜鳞状上皮细胞特性，通过皮肤黏膜微小的破损，进入表皮的基底细胞内，复制、增殖，导致上皮细胞异常分化和增生，形成良性增生物形成。