光子嫩肤的副作用因人而异，会出现色素沉着斑或出现痤疮样发疹和水疱。光子嫩肤非常安全，几乎没有什么副作用，这是光子嫩肤治疗的一个非常大的优点。但是和任何治疗都一样也具有两面性的，不能绝对化。光子一方面是治疗色素性皮肤疾病非常好的治疗方法，但也有引起皮肤色素性改变的潜在风险。况且人们个体是有非常大的差异的，一少部分人也可能会出现色素沉着斑，极少数人可能会出现痤疮样发疹和水疱。建议治疗应在正规的医院里进行，那种把光子嫩肤说成绝对安全，无限夸大疗效，甚至在美容院里就进行治疗的做法是不可取的。