药物治疗宫外孕的危害有流产不彻底、影响正常生育功能等。
药物治疗宫外孕主要采用化学制剂，这类药物有可能导致流产不彻底，流产不彻底胎囊就会继续留在体内，形成病灶，会影响女性的生育功能，导致出现不孕不育症，严重的还有可能会出现癌变，治疗宫外孕尽量采用手术的方法。
发生宫外孕之后，最佳的处理方案就是做手术，手术后要做好患者的护理，饮食不要吃刺激性食物，要做好保暖措施，不要让患者着凉。