巧克力卵巢囊肿综合症可以通过药物和手术治疗。
巧克力卵巢囊肿的治疗是根据大小变化的，并不唯一的。囊肿越小，病情越轻，越大病情越严重，治疗起来更加的复杂。一般小于3cm的囊肿通过服用药物进行治疗，定期的进行检查，防止囊肿恶化；大的囊肿就建议直接做手术，可以通过两种手段治愈，腹腔镜属于微创手术、腹腔镜下囊肿剥除术。
建议注意合理的饮食：生活中女性应尽量避免过多食用辣椒等刺激性很强的食物，这些食物对于炎症疾病并没有好处，只会导致卵巢囊肿病情加重。