卵巢囊肿对怀孕会食欲不良、体重减轻和腹部肿胀之外，还可能引起呕吐、发烧和腹部剧痛的危害。
后期甚至会导致腹部与四肢发生水肿。卵巢囊肿会引发内分泌失调、早衰、恶变。卵巢囊肿在早孕时可能引起流产，中期妊娠时则易发生卵巢囊肿蒂扭转，晚期妊娠时囊肿较大者可导致胎位异常，分娩时可能阻塞产道引起难产。一旦卵巢囊肿变大或者变性，就有可能使精子、卵子或者受精卵不能正常运行，从而影响生育，导致不孕的恶果。卵巢囊肿增大极易发生感染、扭曲、出血或爆裂，带来生命的威胁。有些肿瘤性的囊肿甚至会发生FK1变。
建议如果卵巢囊肿体积比较小，而且没有很明显的临床症状，这种情况下一般不会对怀孕造成影响，定期产检就可以。如果囊肿体积在10厘米以上或者有恶变可能时，需要手术。