由于卵巢囊肿的性质、大小不同，所以对女性的危害就会有一定差异。
如果是生理性的黄体囊肿，一般的女性是没有任何危害，而且会在月经干净后自然消失。但如果是卵巢巧克力囊肿，那么常常都可能会导致进行性加重的痛经，而且还可能会影响女性的生育功能，导致出现继发性的不孕。如果卵巢囊肿过大超过5cm，这时对女性的危害就是可能会引起囊肿的破裂或者是扭转，从而出现下腹部的剧烈疼痛。如果出血比较多，而且治疗不及时，还可能会危及女性的生命安全。
建议女性一定要养成定期体检的习惯，从而做到对于这种的疾病的早发现早治疗，从而减轻对于女性身体的危害。平时可以多注意休息，多吃蔬菜水果。