巧克力囊肿的治疗方法包括药物治疗、中医治疗以及手术治疗。药物治疗就是通过药物外敷、内服的方法进行治疗，药物治疗相对比较方便、没有创伤。但是治疗效果体现的不是很明显，恢复的较慢。中医治疗同样可以不用手术。不过治疗过程很长，起效比较缓慢。最常用的就是开腹手术治疗。