月经干净后五天后陆陆续续有咖啡色有可能是体内的激素水平紊乱引起的，最有可能的就是黄体功能出现了异常。女性在整个月经周期中有正常的排卵，黄体发育也是良好的，但是由于在黄体期，黄体的萎缩过程相对延长，就导致了子宫内膜发生不规则脱落。