巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，发病机理，具体也不清楚，但是有可能与经血逆流，医源性种植，淋巴和静脉播散，遗传，免疫异常炎症等有关，有可能会引起痛经，如果严重的，还可能会影响以后怀孕，如果巧克力囊肿比较小的，可以考虑用药物治疗，如果囊肿比较大，一般是需要手术治疗的。经期要避免性生活，尽量不做流产，有可能减少子宫内膜异位症的发生。