扁平疣的治疗方法有很多，一般是内服药物配合外用药。内服药物一般是抗病毒药，配合提高免疫力的药物。外用药一般采用干扰素凝胶。其他的外治方法有液氮冷冻，激光，冷冻和激光的方法容易产生色素沉着。另外也可以选用中医中药进行治疗，内服中药，加中药外洗，也有不错的治疗效果。