液氮冷冻治疗扁平疣，会有一定的疼痛的，液氮的温度是低于零下196℃，液氮冷冻治疗的方法是将液氮涂于患处，通过极低的温度将病灶冻伤摧毁，从而达到治疗的目的。在进行治疗的过程中，病灶局部的神经末梢以及周围正常组织有可能会被冻到，所以会出现一定的疼痛不适症状。