卵巢囊肿大多为良性肿瘤，在治疗上要从病人的年龄、生育要求和对侧卵巢的现象，来决定手术的范围。对于年轻、单侧肿瘤要行患侧卵巢肿瘤剔除或者卵巢切除术，双侧肿瘤要行肿瘤剔除术。绝经后的妇女可以行子宫和双侧附件切除术。术中要检查肿瘤，必要的时候可以做冰冻切片组织学检查。对于巨大的卵巢囊性肿瘤可以穿刺放液，待体积缩小以后再取出，但是穿刺前必须保护穿刺的周围组织，以防被囊液污染。