子宫内膜异位症的最佳治疗方法，有药物治疗，还有手术治疗。如果在临床检查过程中发现卵巢上发生了巧克力囊肿，并且体积比较大，需要做手术治疗。如果是单纯的痛经，没有发现包块与结节，可以利用药物治疗，是一种雄性激素的药物，效果比较好，需要1个月皮下注射1次，非常方便。