甲硝唑在服用以后最明显的副作用为胃肠道反应。大部分人可出现恶心，呕吐，食欲不振，胃部可有烧灼感等情况。少部分人可出现神经系统症状，如头晕，感觉异常，肢体麻木等情况，极少数的人可出现荨麻疹，搔痒等情况，一般在停药后，症状可消失。在使用甲硝唑期间，是不能饮酒的，一般建议在饭后使用，可以减少副作用的发生。