输卵管囊肿可以采取药物治疗，与手术治疗。药物治疗主要是输卵管囊肿的最基础的治疗方式，因为囊肿大多数都是因为炎症感染引起，可以用抗菌消炎的抗生素药物治疗，如果在药物治疗之后没有明显的效果，囊肿反而增大的情况下，可以选择手术治疗。