甲硝唑主要是预防和治疗厌氧菌的感染，如口腔厌氧菌的感染，牙龈炎，牙髓炎，龋齿引起的牙痛等可以用甲硝唑。可以治疗敏感菌引起的消化道，下呼吸道，皮肤软组织，腹腔炎，脑膜炎，感染性心内膜炎，生殖系统，泌尿系统，骨关节等部位的厌氧菌感染。也可以治疗阿米巴肝脓肿。