艾灸巧克力囊肿变大是因为艾灸的时候温度太高，又或者是艾灸时间太长，这都会引起巧克力囊肿变大的，可以暂停艾灸治疗艾灸，但是如果巧克力囊肿比较严重，内分泌失调比较严重的情况下，还是检查一下有必要的时候进行手术，口服激素类的药物来调理。