巧克力囊肿6cm怀孕了，要定期复查B超，正常巧克力囊肿的大小会保持不变，甚至是萎缩。但是如果在定期监测B超的过程中，发现巧克力囊肿是逐渐增大，或者是短时间内增大非常快速。不管怀孕的好不好，都需要进行剖腹探查，也就是要将囊肿摘除同时送病理化验，以排除是否有恶变。