巧克力囊肿是由于子宫内膜异位症造成的，是由于子宫内膜在卵巢上进行了生长，随着月经周期的改变而出现脱落的情况，在巧克力囊肿术后是需要在医生指导下应用药物的应用，假绝经疗法或者是假孕疗法，或者是短时间内进行怀孕，促进子宫内膜的萎缩，患者在医生指导下规律用药进行治疗，定期上医院进行复查，观察身体恢复的情况。