患有巧克力囊肿，还是会怀孕的。如果囊肿是单纯的，那么另外一侧肯定就是正常的排卵。如果囊肿是上册的，但是如果并不大，也不会影响到明显的排卵。所以说要根据自己的情况来判断怀孕的概率。是否能怀孕，不光是与囊肿有关，还跟卵子的质量，精子的质量，排卵阶段同房等都有很大的关系。