不要担心巧克力囊肿能需要治疗多久的，其实巧克力囊肿能需要治疗多久是要看自己的情况的，不严重地遵医嘱口服中西药治疗，严重的确诊后宜立即手术，术后一般仍宜服用治疗子宫内膜异位症的药物，以防止肉眼未能检出的病灶或囊液污染腹腔引起新的播散和种植病灶的产生。好好休息，养成好的生活习惯。