对有生育要求的女性，症状较轻者，可采用药物治疗，并定期随访检查。对40岁以上，年龄较大且无生育要求的妇女，可以切除全子宫以及一侧或双侧卵巢和输卵管。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，就采用手术治疗，传统手术是采用卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。