治疗精子畸形要根据引起畸形精子的原因来治疗，消除不利因素（药物、放射线、高温、酒等），针对病因进行治疗。畸形精子如超过70%，应进行染色体检查，如有染色体病，则治疗困难，有人在男性不育病人作精液培养，发现溶脲脲原体阳性者，高达85%。精液中有支原体时，精子活力降低，精子密度减少，畸形精子增多。