艾滋病病毒对肌肉的损伤主要是使患者肌肉氨基酸代谢调节异常，引起全身肌肉酸痛或近端肌无力症状。另外许多抗艾滋病病毒药物也可引起肌肉损伤，例如利托那韦可降低肌细胞钙蛋白酶活性，齐多夫定有线粒体毒性，艾滋病关节痛的特点是关节可出现各种机会性感染，可引起大关节病，膝关节、肘关节和肩关节可持续疼痛24小时，有时需使用麻醉剂方可缓解。