巧克力囊肿在任何时间都是可以检查的，卵巢内的巧克力囊肿主要是因为子宫内膜异位症引起的，所以巧克力囊肿会随着月经周期的变化也会有所变化。巧克力囊肿如果增长速度比较快，是需要考虑手术治疗的，如果只是单纯的做检查，可以等月经干净以后做检查，观察囊肿的大小。