巧克力囊肿比较小，可以采取药物的治疗或者是手术治疗，或是随访观察。如巧克力囊肿很大，进行手术治疗，把巧克力囊肿切除掉。巧克力囊肿比较小，多数开始尽快怀孕，怀孕对于巧克力囊肿有一定的治疗作用，并且能预防其继续增大。所以要看巧克力囊肿的大小，选择具体的治疗的方法。