巧克力囊肿是子宫内膜异位症引起的卵巢囊肿，是妇科病，需要挂妇科号就诊的。巧克力囊肿如果超过五厘米，是需要手术的，可以在月经干净后去医院B超检查，了解囊肿的大小，结合月经情况，有无怀孕打算来决定治疗方法，如果是手术，可以做腹腔镜手术。