胚胎停止发育的原因有激素分泌严重不足，所导致胚胎发育无法持续而造成胚胎死亡；遗传因素导致，如染色体异常或是遗传基因有缺陷等，常见的就是精子或卵子染色体异常导致胚胎停止发育；在孕期内接触放射性物质或是有毒的化学制剂，以及服用了孕期禁服的药物等。