巧克力囊肿一般是通过做彩超就可以确诊。巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的表现，主要临床表现就是痛经。但是不一定所有的人都会出现痛经。建议如果巧克力囊肿没有痛经的表现，而且巧克力囊肿比较小，可以暂时观察。如果巧克力囊肿比较大，就需要手术切除。