停经39天做B超，没有发现孕囊，应该是属于正常情况。一般在35天左右就可以看见孕囊，但是因为每个人的身体素质不一样也有的可以推迟几天才可以看到孕囊，所以患者不要有太大的心理负担，平时只要注意观察就可以了。如果出现异常情况，需要及时的就医。一般B超要检查出有孕囊，大概要45天才可以，所以建议再过一个星期再去检查一下会比较好，有些比较晚可能50天才可以看得出来的。