青春期继发性闭经的原因有可能是子宫内膜遭受严重的破坏时，可出现闭经，如原有月经，因阴道、宫颈、宫颈炎症引起粘连、闭锁而造成闭经，又如患有子宫内膜结核，也可造成青少年出现月经初潮推迟和继发性闭经；此外，内分泌腺如甲状腺、肾上腺的功能障碍、垂体肿瘤、卵巢发育不良、卵巢早衰、多囊卵巢综合征、卵巢肿瘤等疾病，均可能会引起闭经。