卵巢囊肿有一部分为生理性的，囊肿会随女性月经周期而变化，月经来潮囊肿会变大，月经结束囊肿会变小消失。卵巢囊肿有一部分为病理性的，这部分囊肿的形成主要与女性内分泌失调有关。女性的卵巢具有分泌功能，若女性卵巢分泌功能出现障碍则会出现内分泌的失调，此时则容易发生卵巢的囊肿。另外卵巢囊肿的发生与生活方式如熬夜，饮食环境如食用添加激素的食物等有关。