高危型的HPV与口腔癌、喉癌、肛门癌、阴道癌、外阴癌及阴茎癌等多种癌症有关。口腔癌感染的HPV型别主要是16和18型，尤以16型别居多。在一篇大数据统计研究中，HPV在口腔癌中总感染率为52%，HPV16平均感染率为42%，HPV18的平均感染率22%，16、18型别的共感染率为11%。2007年，WHO肯定了HPV16型别是口腔癌病因的结论。