阴茎疣又称生殖器疣，男性好发于冠状沟、龟头、包皮、系带、尿道口，少数见于阴茎体部。0.5%~5%的男性生殖器疣可由尿道口蔓延至尿道粘膜。男性同性恋者肛周及肛内湿疣较阴茎湿疣多5~7倍，可蔓延到直肠粘膜，这些部位的湿度为HPV感染提供了更为适宜的环境。肛门及直肠内湿疣可有疼痛和里急后重感。