造成肛乳头瘤的病理原因是由于肛管处感染，也有可能因为外伤或刺激所致病变，也有可能是因为慢性肠道炎症的刺激，也可能是因为习惯性便秘者大便在直肠内积存时间过久或是大便干燥硬结，排便过程中造成损伤而继发细菌感染等，中医以为饮食不节，过食肥甘美味和辛辣等刺激性食品，致大肠热结，湿热下注是主要的肛乳头瘤的原因。