生殖器疱疹的并发症，如宫颈炎、子宫内膜炎、输卵管炎，可能造成不孕不育，对于有免疫缺陷的生殖器疱疹病人，如艾滋病病人如果患有生殖器疱疹，可能会造成中枢感染，引起脑膜炎、脑实质炎等疾病；除了身体方面的危害，生殖器疱疹还会对病人造成严重的心理障碍，因为这类疾病牵扯到道德，所以病人心理压力大，变得自卑、自责。孕期女性患病还可通过胎盘传染给胎儿，或经产道分娩传染给新生儿。