肛门疣在其发病部位起一针尖或粟粒大小淡红色或呈皮肤粘膜色的丘疹。该损害可单个发生称单发性，也可多个同时或先后发生称多发性，随后损害逐渐向皮肤或粘膜外生长，并逐渐增大、增多，有些损害可相互融合，形成各种大小形状不同的赘生物或肿物，肛门疣的颜色大多为红色、淡红色，也可呈淡白色到灰白色，也可因损害发生部位和损害类型而不同。