肛门湿疹的发病原因比较复杂，一般认为与过敏反应有密切关系。有的人吃了对自身过敏的食物、药物，如鱼、虾、鸡蛋、某些抗菌素等，也会出现全身性湿疹或肛门湿疹；痔疮、肛瘘、肛裂、肛管上皮缺损等局部疾病的慢性刺激，也可诱发肛门湿疹；肛门部直接受到砒、汞、碘酒、酒精、强酸、强碱等化学物品的刺激，也可以诱发湿疹。