小肠镜比较痛苦，肠道是管道结构，有蠕动、收缩，虽使用解痉剂，但是镜子前进中，不可避免会出现不舒服。做镜子时，需要打气使肠腔扩张，镜子才能朝前走，也会因为打气产生腹胀、不舒服、恶心、呕吐等表现，但是不得不做。若病人过度紧张，泽可能会导致操作无法进行。还有一些比较先进的检查方法，如电子胃镜、胶囊胃镜等，食用胶囊，利用胶囊上的照相机进行显像，所需时间较长，优势还不如人工操作方便。