生殖器疱疹的潜伏期为4至7天。发疹前后有发热、头痛、全身不适，骶部神经可感觉异常。病毒经皮肤、黏膜破损处进入人体内，在伤口附近生长繁殖，然后经过血液循环或神经通路传播和扩散。原发感染消退后，病毒潜居体内，伺机作乱。机体抵抗力下降，或受凉、发热、情绪激动时，处于使潜伏、休眠状态的病毒将被激活、再度发病。