巧克力囊肿不是不孕不育。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种表现，并不属于不孕症，但是由于子宫内膜异位症会在一定程度上影响卵母细胞质量、输卵管蠕动，盆腔内外环境等受孕因素，所以很有可能导致女性受孕困难，因此建议患者要及早治疗，做好充足的受孕准备。
建议要注意身体保暖，避免剧烈运动，减少性生活的次数。饮食上多吃富含营养的蔬菜水果，如菠菜、山药、白菜、牛奶等等。