公认的引起唇腭裂的原因是由环境和遗传因素共同作用，也就是最大的原因。
如果有唇腭裂家族史，遗传几率会更大，而环境因素更为复杂，比如孕期病毒感染、营养不均衡、抽烟酗酒、接触X射线或者情绪波动大等都是唇腭裂的诱因。
有唇腭裂家族史的在备孕前最好先做遗传咨询，针对唇腭裂的发生、再发或与再发风险相关的生育问题的分析，在未来怀孕中采取相应措施，以降低唇腭裂发生的可能性。