唇腭裂形成于胚胎早期的前三个月，通常是由于上颌突、侧鼻突与球状突在妊娠早期未完全融合造成的裂开畸形。
单纯唇部裂开称为唇裂；如果有上唇或者腭部裂开则称为唇腭裂；如果是单纯的上腭部裂开，称为腭裂。唇腭裂的致病原因现在不是很明确，大部分专家认为，在妊娠早期病毒感染、接受药物治疗，包括社会上现在较多的电磁辐射、精神紧张、遗传性因素都有可能造成唇腭裂。
备孕期间禁烟酒，预防疾病，远离有毒有害物质，在医生指导下口服叶酸。