导致唇腭裂的病因有很多，主要有遗传因素、营养因素、感染等。
首先就是遗传因素，遗传学的研究者认为唇腭裂的患者应该是多基因遗传性的疾病。再者就是营养因素，由于各种原因导致妇女怀孕期间维生素缺乏，比如维生素a、维生素b2、叶酸缺乏就有可能发生唇腭裂。再者就是感染和损伤，比如在怀孕初期受到了某些影响，引起子宫以及邻近部位的损伤，就有可能导致唇腭裂。患者如果有病毒感染性疾病，比如风疹也会影响到腹中的胚胎的发育，所以也有可能导致唇腭裂。
在怀孕前后，应该定期服用叶酸，一般就可以避免这样的畸形，防止对宝宝和家庭带来不必要的负担。