边缘性脑炎头疼要根据具体情况来确定治疗方案。
如果出现了头疼，必须要明确头疼的病因。如果是因为中枢神经系统颅内压比较高，需要进行积极的脱水、降颅压治疗，将脑压控制在正常范围，头痛的症状是可以得到改善的。如果是因为紧张性头痛或者偏头痛导致的，可以应用一些止痛的药物，以控制头痛的症状。
建议：进行脑脊液的相关检查，查明原因、病毒、自身抗体等。